新田辺駅

• 内側2線（2番線と3番線）が主本線、外側2線（1番線と4番線）が待避線である。
• 1番線は奈良方で市道（旧国道307号）の踏切を越えてそのまま引き上げ線に繋がっており、折り返し列車はこの引き上げ線を介して上り線に入るか、引き上げ線に入らず直接新田辺車庫に入って折り返すことになる。なお新田辺車庫へは1 - 4番線すべての線から出入庫が可能である。ただし、配線上の理由から、大半の留置線は構内入庫後、更にスイッチバックする必要が生じる。

• PiTaPa・ICOCA対応の自動改札機および自動精算機（回数券カードおよびICカードのチャージに対応）が設置されている。
• 特急券・定期券ともに専用の自動販売機にて購入が可能で、早朝と夜間の一部時間帯を除いて駅窓口でも購入可能となっている[10]。
• 近鉄リテーリングが運営する有人売店設置駅（ファミリーマート近鉄新田辺駅改札外橋上店、同駅前店）に指定されている[10]。

• 特急以外の全一般列車が停車しており、京都線における折り返し拠点となっている[11]。
  • ラッシュ時の京都駅からの準急および終日設定されている京都市営地下鉄烏丸線国際会館駅直通の普通列車（早朝1本と平日夕方1本の近鉄宮津始発国際会館行きを除く）は当駅が運転区間の南限となっている。[11]
  • 2022年12月17日のダイヤ改正をもって、大部分の普通列車が当駅を起終点駅とすることになった。そのため、当駅を境に京都方面は原則6両編成化されることになった。またこれまで当駅では2両を連結・解放作業を一部列車でしていたが、これが解消されることになる反面、当駅での乗り換えが必須となり、そのため当駅止まりと始発列車がメインとなり通しで走る普通列車は朝夕に限られるようになった。

なお平日朝には当駅始発近鉄宮津行き普通列車が定期列車として1本設定されている[11]。

• 日中は1時間に急行が4本、京都方面への普通列車が6本（うち2本は地下鉄烏丸線直通）、大和西大寺方面への普通列車は3本の停車本数が確保されている[11]。
• 1977年（昭和52年）1月17日以前、急行は大和西大寺駅と当駅の間をノンストップで走っていた（その後急行は1977年1月18日に高の原駅と、2000年3月15日には新祝園駅も停車）。

近鉄新田辺　停留所

• 1のりば
  • 61号経路：草内 ゆき
  • 61A号経路：美禅 ゆき
  • 66A・66B経路：京田辺市役所　ゆき
  • 74A・74B号経路：京田辺市役所 ゆき（草内口経由）
• 3のりば
  • 31号経路：樟葉駅ゆき（稲葉・畠・松井山手駅・摂南大学北口・くすのき小学校経由）
  • 63号経路：ポエムノール北山ゆき（稲葉・健康村・JR大住駅・松井山手駅・本郷・大阪工大経由）
  • 64号経路：松井山手駅ゆき（一休寺道・三野・中島橋経由）
  • 67号経路：松井山手駅ゆき（稲葉・健康村・JR大住駅経由）
  • 67B号経路：樟葉駅ゆき（稲葉・健康村・JR大住駅・松井山手駅・美濃山口・水珀経由）
  • 67D号経路：樟葉駅ゆき（稲葉・健康村・JR大住駅・松井山手駅・本郷・水珀経由)
  • 68号経路：松井山手駅ゆき（稲葉・畠経由）
  • 74・74B号経路：石清水八幡宮駅ゆき（一休寺道・岡村・美濃山口・内里・下奈良経由）
  • 74A号経路：石清水八幡宮駅ゆき（一休寺道・岡村・宝生苑・美濃山口・内里・下奈良経由）
  • 75C号経路：石清水八幡宮駅ゆき（一休寺道・池嶋・岩田・下奈良経由）
• 4のりば
  • 69号経路 茂ヶ谷ゆき
  • 79号経路 穂谷ゆき（茂ヶ谷・経由）
  • 89号経路 松井山手駅ゆき（穂谷口・杉山手・大阪国際大学・長尾駅経由）
  • 89A号経路 松井山手駅ゆき（天王・穂谷口・杉山手・大阪国際大学・長尾駅経由）
  • 89B号経路 松井山手駅ゆき（穂谷・杉山手・大阪国際大学・長尾駅経由）
  • 89C号経路 松井山手駅ゆき（天王・穂谷・杉山手・大阪国際大学・長尾駅経由）
  • 66A号経路 クレイン京都ゆき（京田辺市役所・茂ヶ谷・宝生苑・松井山手駅経由）
  • 66B号経路 クレイン京都ゆき（京田辺市役所・茂ヶ谷・松井山手駅経由）

新田辺駅 停留所

• 2のりば
  • 101系統 同志社大学理工学部・同志社大学ディヴィス記念館ゆき（興戸・同志社女子大学正門・同志社大学正門経由）
  • 102系統 同志社大学理工学部・同志社大学ディヴィス記念館ゆき（京田辺市役所・同志社北門経由）
  • 1系統 三山木駅ゆき（京田辺市東部循環・外回り）（京田辺市役所・草内郵便局前経由 　※1日3便のみ）
  • 2系統 三山木駅ゆき（京田辺市東部循環・内回り）（京田辺市役所・興戸経由 　※1日3便のみ）

  ※101系統、102系統は同志社大学の構内に乗り入れる。

近鉄新田辺 停留所

• 1のりば
  • 60号経路 維中前ゆき（南京都病院経由）
  • 60B号経路 工業団地ゆき（南京都病院・維中前経由）
  • 62号経路 緑苑坂ゆき（南京都病院・維中前経由）
  • 62B号経路 工業団地ゆき（南京都病院・維中前・緑苑坂経由）
  • 62C号経路 緑苑坂ゆき（南京都病院・維中前・工業団地経由）