シムシティ3000

• ゴミ処理の概念が追加されている。ゴミは埋立地や焼却炉、リサイクルセンター、エネルギー焼却炉に運搬され処理される。
• 農業地区が登場し、低密度工業地区に汚染がほとんどない場合にのみ発展する。
• 地区の密度には新たに中密度が登場した。また、道路から住宅地区は4マス、商業地区は3マス、工業地区は5マス以内にないと発展しない。
• 地区や建物から5マス以内ならば隣り合っていれば電力が供給されるようになった。ただし水は水道管から7マス以内でないと隣り合っていたとしても供給されない。
• 発電所や水道施設などの耐用年数（寿命）は、容量の限界に達した状態で使い続けると減少するようになった。
• 電気、水、ゴミ処理を近隣都市と売買取引を出来るようになった。ただし、プレイヤーが取引を持ちかけることはできず、近隣都市からこちらの容量に余力があると購入取引が、不足気味だと売却取引が持ちかけられる。
• 地価は最終的に都市の中心部が最も高くなるようになっている。
• 毎年一定の収入を得る特殊建造物を誘致できるようになった。ただし、犯罪の増加や汚染など、都市の発展を妨げる要素を持っている。
• 各分野別に助言を行うアドバイザーが登場。財政・運輸・都市計画・環境・公共・厚生・公益の7人の担当がいる。
• 市民が新しい建築物や条例の制定を請願してくるようになった。
• アドバイザーからの助言や公益施設の容量限界に達した際の警告メッセージなどが流れるニュースティッカーが追加された。
• 現実世界に実在するランドマークを建設できるようになった。建設費は無料だが、都市の発展には影響を与えない。
• 道路や線路をシム（住民）や自動車が行きかう様子が再現されるようになった。また、日本語版では車が左側通行で描写されるようになった。
• 地下鉄と水道管のマップが分離されたため、交わらずに引くことができるようになった。
• 水質汚濁の概念が追加されたことに伴い、水処理施設は都市に供給する水の汚染を取り除く浄水場に相当する施設になった。
• 通貨単位がドルからシムシティシリーズ架空の通貨であるシムオリオン（en:Simoleon、記号：§）に変更された。
• 水力発電所、教会、アルコロジーは廃止されている。

新しい都市

都市の名前、市長の名前、難易度、開始年度、都市のサイズ、地形や樹木などを設定して一から都市を開発するモード。

スターター・タウン

ある程度開発されたモデル都市のデータを読み込んで、手を加えていくモード。オリジナル版はシナリオは存在せず、自由に開発できる。

都市データ

都市のセーブデータや前作のデータを読み込む。

地形データ

世界の都市の地形をモデルにした地形データを読み込む。

設定

アニメーションや画面解像度、BGMやサウンド音量を変更する。

区画

住宅地区、商業地区、工業地区（それぞれ低・中・高密度がある）、埋立地区、海港、空港

交通

道路、高速道路（道路、ランプ）、バス停、鉄道（線路、駅）、地下鉄（線路、駅）、地下鉄↔鉄道

公益設備

送電線、水道管

発電所

石炭発電所、石油発電所、ガス発電所、原子力発電所、風車、ソーラー発電所、マイクロ波発電所、核融合発電所

水道施設

ポンプ場、貯水塔、水処理施設、脱塩施設

ゴミ処理施設

リサイクルセンター、焼却炉、エネルギー焼却炉

公共・特別

警察署、刑務所、消防署、病院、学校、大学、図書館、博物館、小さな公園、大きな公園、噴水、池、運動場、マリーナ、動物園、野球場、ランドマーク

ボーナス

市長官邸、シティホール、銅像、市立裁判所、株式取引所、芸術劇場、一流大学、軍事基地、軍需工場、医療研究センター、科学研究センター、灯台、間欠泉公園、カントリークラブ、スタジアム、テーマパーク、宇宙港、シムシティ城；（特別収入が入るが地域に悪影響のある建物）有毒廃棄物変換工場、ギガモール、カジノ、最高警備の刑務所

• 建造物をプレイヤーをプレイヤーが自らデザインできる『デザインキット』を搭載。
• シナリオモードが追加された。シナリオは最初から用意されているもののほか、『シナリオクリエーター』を使ってプレイヤーが作成することもできる。
• 建築様式はオリジナル版のアメリカ風に加え、ヨーロッパ風、アジア風の3種類から選べるようになった。
• 災害、ランドマークの種類が増えた。
• 地面・樹木の種類が変更できるようになった。

新市長誕生

都市の名前、市長の名前、マップを選択して都市を開発していく基本モード。『3000』でいう「新しい都市」にあたる。マップは地形のほか難易度も設定されており、超初級、初級、中級、上級の4つがある。難易度の違いは開始時の所持金の金額によって決まっており、超初級の場合はあらかじめ必要最低限の都市が完成した状態からスタートする。

都市を救え

日本の各地方が抱えている様々な問題を解決するモードで、俗にいうシナリオモード。シナリオ内容は自然災害から復旧させるものや、慢性的な交通渋滞から脱却するものなどさまざまだが、人口を一定まで増加させることに関しては共通である。クリアすると各地方の都道府県のランドマークとして城が入手でき、「ミュージアム」モードで設定すると「新市長誕生」モードで建設することが可能になる。

ミュージアム

登場する建造物や「都市を救え」で手に入れた城などを鑑賞できるモード。

チュートリアル

遊び方を確認するモード。解説はアドバイザーでもあるMr.マキシスが行う。

すれちがい通信

「新市長誕生」で設定した都市の発展具合を基に生成された手紙を、ランドマークを同封してすれちがった相手に送信できるモード。

オプション

災害難易度や音量を変更したり、記録データを削除（初期化）できる。

フリープレイ

フリープレイでは、プレイヤーが市長となって、自由に町作りを楽しめる。マップ全体をセーブするには32ブロック必要で、町のサイズの、小が1ブロック、中が4ブロック、大が8ブロック使用する。町はマップの好きなところに作ることができる。難易度は、「チート」・「初級」・「中級」・「上級」から選ぶことができ、それぞれ最初の資金がちがう。町の名前等も自由に設定できる。町作りのアドバイスをする、アドバイザーを選択したら、町作りが始まる。

ミッション

ミッションでは、達成すべき目標を目指して町作りをする。目標は「環境にやさしい町」や「30万人達成」等様々。クリアすると、建築可能な建築物が増える等の特典がある。

思い出アルバム

思い出アルバムでは、フリープレイの記録や、フリープレイで撮った町の写真を見ることができる。

コレクション

コレクションでは、見たことのある建物や聞いたことのあるBGM等が見られたり聞けたりする。

チュートリアル

チュートリアルでは、町作りをするための基礎を学ぶことができる。

オプション

オプションでは、ゲーム設定や、初期化等が行える。

まち作りコンテスト

ニンテンドーWi-Fiコネクションを利用して、目標に沿った町作りを行う。ミッションに似ているが、ほかのプレイヤーと競い合うことができる。

地区は、住宅地区・商業地区・工業地区がある。それぞれ、低密度・中密度・高密度があるす。密度が高いほど、地区の発展が遅くなる。地区の発展には地価が関係していて、地価が高いほど地区が発展しやすくなる。他にも、ゴミを埋め立てる埋立地区がある。

町の主な収入は税金である。税率を自由に設定することができるが、あまり上げすぎると住民が出ていってしまう。このゲームではなかなか黒字にならず、税率のコントロールが難しいのも特徴の一つである。また、建物の維持費なども高いので、財政面では苦労する。債券を発行することもできるが、月々一定額を支払わなければならず、利子もつく。電力・水・ゴミは近隣の町と売買することもできる。